كانت بداية الدكتور المرزوقي من صحيفة «الجزيرة» في حدود عام 1964م ولم يبلغ العشرين من عمره حين كتب سلسلة مقالات نعى فيها غياب الأمة،وبحث عن عوامل الخروج التي ظل يتلمسها،و بدت جلية في مؤلفاته (كيلا تختلط الأوراق) و(أزمة الخطاب السياسي) و(أزمة الخليج) و(الجنون العاقل) و(سفر الخروج) و(إشكالات فكرية) وسواها، لكن الأسئلة امتدت بأسئلة، والحيرة تلتها حيرات. ثم جاء التحول الأهم خلال إقامته في بيروت وتفرغه للبحث والتأمل؛ حيث وجد في الإيمان العميق ملاذه من القلق المعرفي، ووصل - بطمأنينة - إلى أن النصر مرتبط بالإيمان بالله وحده بما يعنيه ذلك من إقامة العدلل ورفض الظلم وتمثل رسالة الإسلام في النظم السياسية والاقتصادية والاجتماعية والأخلاقية على صعد الأفراد والمجتمع والدولة.